Кроме того при конвертации размер кластера получается 512 байт, что, конечно, весьма неплохо с точки зрения экономии места на диске, но сильно снижает быстродействие файловой системы и увеличивает фрагментацию, которая тоже снижает быстродействия, хотя и в меньшей степени, чем в FAT.
А ставить NT-based систему на FAT вместо NTFS - это не "от греха подальше", а наоборот, т.к. NTFS намного надежнее. Насчет Partition Magic тоже присоединяюсь к мнению 23AG_Oves, т.к. сам занимаюсь восстановлением данных и в моей личной статистике редких обращений с проблемными NTFS-дисками абсолютное лидерство (больше половины обращавшихся) держат диски, сконвертированные Partition Magic'ом.