Проверяй в первую очередь подключение проводов USB-разъема. Возможно, у тебя перепутан один из сигнальных с питающим. Как вариант - неправильная разводка платы. Неправильная полярность включения стабилитрона тоже возможна, но при этом сильно греться он не будет, т.к. его ток ограничится возможностями меги16 (хотя тут зависит от режима программирования выходов).

Вообще говоря, в таких случаях надо не говорить, что "по схеме из раздела самоделок", а приаттачить твою рабочую схему и твою рабочую плату.