Можно создать разных командиров со разными карьерами. Они между собой никак не связываются, так что думаю вполне можно за одного проходить карьеру в ГВХ, а за другого - в ВАК. И папка СХ3 в моих документах не затирается никогда, ее может удалить или изменить только сам пользователь.