Заменить секцию на представленную ниже:

[HotKey pilotMove]
Joystick+AXE_RZ=1rudder
Joystick+AXE_U=-1throttle
Joystick+AXE_X=1aileron
Joystick+AXE_Y=1elevator
Joystick+AXE_RX=1pitch


По поводу скролла мыши - его напрямую пока использовать нет возможности.

Отличия от дефолтного файла в том, что стоят значения устройств Joystick1 и Joystick2. Я же изменил их на Joystick, т.к. в системе только один виртуальный джой.