После удаления папки кеш(а не только папки шейдерс) игра формирует ее исходя из текущей доступной ей версии, тоесть актуальной. Когда она не очищена... я не знаю как в бобе но в других играх она часто для ускорения работы обращается прежде всего к кешу. Это значит что в измененную игру будут подгружатся файлы скешированные на старой версии. В купе с файлами которые не кешируются это может вызвать совершенно разные последствия. Конечно, все зависит от механики файлового менеждера программы, если она отдает приоритет "родным" файлам то кеш должен обновлятся и кеш работает в пределах сессии, но так вроде никто не делает, смысл теряется.
Сразу скажу, мои знания довольно древние, я уже 10 лет как не программирую. Так сказать азы.