Скачёк был. Но, в основном, скачёк в условиях.
Признак устойчивости к тем или иным антибиотикам, возможно, зародился миллионы лет назад, но преспокойно "дремал" в условиях, когда он не был решающим для выживания. Ну были такие бактерии - одна на несколько миллионов или даже милиардов - их и заметить-то невозможно было.....
И вдруг - раз.... и начали травить всех антибиотиками.... И из милиарда выжила одна, да не просто выжила, а попала в "рай", где конкуренции за пищу нет, размножаться ничто не мешает... и вот бывший "уродец" (может, тормознутей нормальных был... или "болел" чаще) становится единоличным правителем.
То, что раньше подавлялось отбором, вдруг стало усиленно им поощряться. Вроде как, "новый вид", да ещё и усиленно размножающийся и, соответственно, быстрее мутирующий - глядишь - и уже в обычных условиях может поконкурировать со старым видом.