Генерится рандомно, но в пределах означенного района и диапазона дат, этого требует задача миссии - если послали потопить авианосец, значит он должен там быть, иначе смысл задания теряется напрочь. Другое дело - как быстро вам посчастливится его найти, и посчастливится ли, хотя он 100% будет в означенном районе.
В сохранёнках записывается не только позиция и состояние лодки но и позиция и тип находящихся поблизости (в том числе за пределами прямой видимости) любой техники, поэтому неудивительно, что при загрузке сохранёнки вы всегда находитет авианосец.