сейчас тени в БоБ - работают как постэффект. накладываются на изображение как бы после формирования картинки. или вопреки 3д. они просто плоско накладываются на экран. поэтому при включении 3д мы видим не две тени-стерео, а одну, которая выведена на экран монитора как на стекло. отдельно от сцены, находящейся за ней. от этого все проблемы. присмотритесь.

есть такая категория игр. называются - нерекомендованные к стерео для 3dvision. Там все проблемы в точности теже. Ил 2 - CoD надо включать в тот список. (НЕ РЕКОМЕНДУЕТСЯ!)
http://www.nvidia.ru/object/3d-vision-3d-games-ru.html