Причиной сбоя JSGME может служить потеря файлов .log в \MODS\!INSTLOGS\. В них хранится вся информация о заменённых файлах (сами файлы хранятся в \MODS\!BACKUP\, обе папки скрытые). Эти файлы могут утеряться при чистке диска утилитами, так что нужно всегда отслеживать, что вы удаляете при чистке.