Проблема, насколько я понимаю, не в скачках напряжения в USB-портах, а в том, что производится несанкционированная запись во флэш-память контроллера джойстика. У USB-хабов, считается, больше вероятность проявления такого несанкционированной активности из-за их дополнительных компонентов.

Мой Warthog постоянно подключен к выделенным для него двум стандартным USB-портам на задней панели системного блока и пока чувствует себя, тьфу-тьфу, нормально. Конфигурация компьютера - по ссылке в подписи.