Если после чтения микросхемы, в панели виден некий код, а не сплошные FF, то микросхема записана.
На всякий случай, можно провести верификацию содержимого. (загружаем в панель файл прошивки, и запускаем верификацию)
А размер памяти говорит только о полном размере памяти, безотносительно к тому, сколько её заполнено, а сколько свободно.

Пожалуй, вам нужно таки порыться в интерфейсе - стабилитроны (ещё ЕМНИП резисторы) и правильность распайки. Многие например, путали линии D+ и D-.