В ридми к нему есть такие мысли:
MUSEUM

Because of the new ships, load times will be increased in Museum. However, they will be manageable (3-5 minutes) on most modern PC's. Please note that scrolling too fast amongst the units in museum may cause CTD's. Also, CTD's are likely if you have about 300-400 custom units already installed.
Смысл в том что может вылетать если уже установлено очень много судов.
Если у тебя установленые еще какие-нить моды с добавлением судов - попробуй отключить и поставить на чистый СХ3 или там СХ3+глобалка. Если нет - то не знаю