SH3 Commander ставиться как отдельная программа. По умолчанию C:/Program Files/SH3 Commander. GWX3.0 Config files нужно устанавливать в папку с Коммандером.
При установке руссификатора содержимое папки SH3 Commander нужно поставить в папку с Коммандером, остальное в .../SilentHunterIII/MODS