Насколько я знаю, в лончер можно послать команду exit, если он не завис. Если завис, получается, что только из виндов его убивать чем-то.

Кстати:
Чтобы менять миссию через battle stop, ATAG советует в промежутке запускать чистую миссию с другой картой и скриптом, чистящим всех акторов. Еще якобы команда file ... вместо f ... якобы реже дает ошибку Not Destroyed Actor.

Хотя если карта не меняется, то использовать battle stop смысла нет.

Интересно, если без battle stop миссию сделанную на другой карте загрузить, что получится? Никто не пробовал?