Давайте рассуждать. Для изучения Плутона выбрана пролетная траектория как наимение затратная по использованию ресурсов ЛА. Задача пролететь и успеть совершить наиболее важные исследования, поставленные перед аппаратом. Вероятно расстояние в 12500 км выбрано как наиболее оптимальное для выполнения программы полета.