Это надо потестировать не на Репке, при каких условиях их не будет выкидывать. Весной при загрузке новой миссии через bat-файл выкидывало и вылезало много ошибок not destroyed actor если использовать battle stop / battle start. C АТАГ вроде не выкидывает, они наверное battle stop не делают.
ИМХО ротацию лучше внутри скрипта организовать, если только коммандер Small_Bee ее делать не умеет. Перенастраивать bat-файлы под каждую миссию неэффективно имхо.
(сейчас на Р1 3 подмиссии рандомно ротируются скриптом)