На самом деле никакого противоречия нет. Бог есть в каждом человеке, т.е присутствует в обществе (человеческом). Но некоторые люди гонят Бога.
Что же касается Церкви, то к ней примазывается из выгоды немало и тех, кто творит дела, мягко говоря, недостойные. Поэтому вся церковная статистика отражает никак не Бога, а именно общество - а уже посредством общества показывает и отношения между Богом и человеком.