Нет. ЧА2 самостоятельный продукт, ставится он отдельно и никак не пересекается с предыдущей версией. Все каталоги, все настройки (включая джойстики) свои собственные.

Просто если была куплена первая Акула - вторую можно купить вдвое дешевле.