Бывает, что настройки 3Д для приложения отображаются правильно при повторном открытии панели настроек после принятия изменений. Чисто интерфейсный глюк, у меня тоже встречался на предыдущей версии драйвера. Выбери приложение и настройки для него, примени, а затем повторно запусти панель настроек и посмотри есть ли изменения.