Отвечает за это файл hdr_underwater.cfg, находится он здесь \data\Filters\ColorCorrection, открывается для редактирования Блокнотом, в стоковом варианте игры вода достаточно прозрачная...
Доброй охоты...
PS: только не получится ее сделать такой прозрачной как воздух, это ведь вода все-таки...))