Никаких проблем с подключением к игре нескольких джоев обычно не возникает. В крайнем случае можно воспользоваться сторонними программками вроде XPadder, которые могут виртуально объединить несколько устройств в одно. Но для БзБ это не требуется.
Если уж очень хочется снести ВСЕ настройки, то можно удалить (заархивировать куда-нить) confUser.ini в папке C:\Users\VIPER\Documents\1C SoftClub\il-2 sturmovik cliffs of dover\
При первом же запуске игры Steam "починит" удалённый ini файл позаимствовав дефолтный из папки х:\Program Files (x86)\Steam\SteamApps\common\il-2 sturmovik cliffs of dover\