Ничего подобного - для примера установил эти две галки - fraps работает нормально - счетчик считает, видео пишется, скриншоты делаются
Разве что при отключенном визуальном оформлении не получается записать\просмотреть трек, так как не появляется окно проводника.
Версия fraps у меня 3.4.7 build 13808
Кстати, вот версия еще свежее - 3.5.0-14948
Уже умеет создавать файлы больше 4гигов на NTFS
Beepa.Fraps.v3.5.0.retail-FOSI-rus.rar