Тут вопрос в том по какой документации будет производится доработка, внесены ли в нее все изменения, кем была произведена дефектация. Разумеется запретить никому не могут. Но в таком случае ответственность ложится на производителя работ
--- Добавлено ---
И в гарантии тоже, после КВР. Ремонтный завод не может дать гарантию не согласованную с разработчиком