Это последствие высокого расположения центра тяжести, возможно поправят в аддоне и лодка будет идти как скала.
В SH4 нет как таковой связи объекта и воды - лодка неподвижна по оси Y, а океан "перемещается". Можно только уменьшить высоту волн в шторм, чтобы лодка не летала.
Для смены интерьера лодки надо зайти, например, в эту папку: Silent Hunter Wolves of the Pacific\Data\Submarine\NSS_Type_C, открыть там файл NSS_Type_C.cfg и в строчке Interior=data/Interior/NSS_Porpoise/NSS_Porpoise после знака "=" указать путь к желаемому интерьеру.