Ух, сколько нагородили!
Для начала про чужих 2 и 3:
Матка, насколько я могу судить, матка пряталась в нише шасси челнока, куда ухитрилась залезть, пока тот цеплялся этим шасси за какой-то металлолом.
Далее, начало Ч.3: показано яйцо, висящее где-то под потолком. Согласен, очень натянуто, но попасть оно (они) туда могло только вместе с маткой. Может, после отстрела её "брюшка", в её внутренних репродуктивных органах осталась ещё пара яиц. А их было, как минимум два: одно для Рипли, другое - для коровы/собаки. Один мордохват пытался инфицировать девочку, но безуспешно (как показало вскрытие). Судя по ожогу на её "гробу", именно он спровоцировал катастрофу, то ли пытаясь проплавить саркофаг, то ли разломав стекло и поранившись об осколки (что объяснило бы неудачу с инфицированием). Так что, в принципе, всё объяснимо.