Может ты не точно проходишь контрольную точку? Чтобы игра засчитала её пройденной нужно чтобы на миникарте центр силуэта твоего самолёта (белый) прошёл точно через центр контрольной точки. Тогда линия заданного маршрута(выходит из силуэта твоего самолёта) перескочит на следующую контрольную точку. Если силуэт твоего самолёта только коснётся(вскользь) контрольной точки, линия заданного маршрута останется на этой контрольной точке и при последующем включении автопилота ты вернёшься назад. Попробуй не отключать маршрут на карте и маркер игрока на карте и последить на миникарте прохождение тобой всего маршрута. Тут есть ещё особенность: при команде "вернуться на базу" маршрут на миникарте может измениться с появлением новых контрольных точек. Выбирать же по своему усмотрению контрольные точки, к которым нужно лететь можно только командами "предыдущая контрольная точка", "следующая контрольная точка"(насколько мне известно)