Да, файл прошивки (In32.a90) был загружен в конфигуратор.
Пробовал подключать ин32 в другие разъемы Ф2, эффекта нет.
Так же пробовал сделать все по мануалу с удалением драйвером, тоже не принесло результатов.
Перепроверил подсоединение от ножки до ножки дешифратора (до ин32 (ss) и до ножек at90) - все норм.
Также перезвонил все на отсутствие КЗ.

Правда, когда пробовал перепрошить (уже в 4й или в 5й раз), лог пишет следующее:
"устройство открыто
Стирание микросхемы...OK
Запись FLASH...OK
Запись FUSE битов...OK
Проверка FLASH...Ошибка по адресу 1!!!
устройство закрыто"