раз сначала помогает , а потом опять выдается сообщение , то возможно это распухающие лог-файлы. Можно в консоли набрать baobab , дальше "сканировать файловую систему" и он все красиво покажет , сколько каждый каталог занимает.

Не очень вероятно , но возможна и проблема с диском. У меня такое было на старом 80-ти Гб приводе . Просто сыпаться начал. (Тьфу-тьфу)