Одновременно, в соответствии с очередным соглашением, подписанным между США и Японией в декабре 2004 г., ведутся работы по радикальному усовершенствованию SM-3. Разработка этого варианта, обозначенного SM-3 Block IIА, началась в 2006 г. Его основным внешним отличием станет то, что диаметр ракеты по всей длине составит 533 мм – максимально допускаемый установкой вертикального пуска Мк 41 и, следовательно, не требующий для своего размещения специальных кораблей-носителей.
Другими отличиями ракеты станет ее оснащение ступенью перехвата увеличенного диаметра, усовершенствованной ИК-ГСН и более эффективной DACS. Также на SM-3 Block IIА будет установлены створчатый носовой обтекатель и аэродинамические поверхности уменьшенных размеров.
Использование в составе SM-3 Block IIА разгонно-маршевого двигателя больших размеров обеспечит прирост конечной скорости ракеты на 45-60%, или до 4.3-5,6 км/с (поэтому этот вариант также называют High Velocity – «высокоскоростным»), а дальность действия
до 1000 км. В свою очередь, увеличение размеров ракеты приведет к более чем полуторакратному увеличению ее стартовой массы.
Как ожидается, первый пуск SM-3 Block IIA состоится в июле 2014 г. В случае успешных испытаний оперативное развертывание этих противоракет начнется в 2015 г., а полномасштабное – в 2018 г.