Я то взглянул уже и что-то ничего в голову путного не приходит..
Значок дока (якорь) прописан на странице Page Default HUD.ini или Page layout.ini, я точно не уверен..
Эти страницы последними скорее всего меняются модом Magui v3.0, но если у всех остальных таких проблем не наблюдается, то можно предположить что -
иногда значок дока пропадает по некоторым невыясненным мной причинам, возможно проблемы перегрузки памяти, возможно что-то другое.. это относится к той же категории багов при которых пропадают и все портовые сооружения, пирсы, причалы и т.д...
у меня лично значок дока пропадал по двум причинам -
- все значки warnings при каждой перезагрузке сдвигались вправо, пока не уходили за край экрана
- остальные значки были на месте, но значок дока отсутствовал (по непонятной причине)

в обоих случаях лечилось все полной перезагрузкой игры без отката каких-либо модов, под полной перезагрузкой понимается выход из игры полностью, а не до уровня главного меню..

EDIT: Саша, не стоило наверное про "профи" , просто знаю про эту конкретную игру чуть больше, чем новички..
Профи сама знаешь, где обитают..

EDIT2: проверить на месте ли остальные значки просто - погрузиться и посмотреть, есть ли слева вверху значок погруженной лодки..