О да, это самые неразрешимые проблемы, конечно. Прямо вот невозможно принять решение, кому они будут подчиняться и с кем взаимодействовать. Ну вообще никак.
Что касается обхода кораблей. Я так понимаю, что они в океане ходят тоже не как попало, а по трассам. Что мешает проложить отдельные трассы для экранопланов?
Да, кое-где они будут пересекаться, так что с того? Передвижение кораблей отслеживается через спутник и их в океане не так уж много на единицу площади. Так что организация пересечения трасс не является технически неразрешимой задачей, ИМХО.