можно и руками копировать конечно. ведь установка модов фактически сводится к раскидыванию файлов и папок в директории с игрой. но предпочтительнее делать это с помощью утилиты, которая при копировании создает резервные копии заменяемых файлов, и возвращает всё в исходное состояние при необходимости. Что касается других - ИМХО jsgme и позволяет ставить моды фактически руками только делая за нас рутинную работу по собственно копированию
так враппер и екзешник само собой тоже через jsgme забрасываются. куда же без них. не мододелу, чтобы погамать в модденную игру сильно заморачиваться не нужно...
добавлю http://allaircraftsimulations.com/forum/index.php разделы форума касательно ИЛ2
ссылки на HSFX есть на warbirds of prey, льётся довольно быстро, весит чуть поболе 4Гб