раскидай по разным папкам в апаче модули статистики
Должно получиться что то типа такого:
http://server.ru/stat1
http://server.ru/stat2
http://server.ru/stat3
и т.п.
т.е. принципиальных проблем нет никаких. Ты ведь указываешь в настройках статистики из какой БД брать данные..