Сочувствую, недавно "бился" с осью джоя, кое-как разобрался.
В настройках управления своеобразная табличка, фокус в том, чтобы нужная Вам кнопка была единственным вариантом в строке (остальные ячейки необходимо очистить). Если переназначаете что-то, то остальные варианты надо удалять (крестик в каждой ячейке в правом верхнем углу), кроме того, в первой колонке - основные кнопки управления, во второй - дополнительные и так далее (например, запуск двигателя - "I" на клавиатуре, первая колонка, а кнопка джоя "№ 5", вторая колонка; двигатель будет запускаться и с клавиатуры, и с джоя). Надо очень внимательно посмотреть нет ли дублирующих кнопок/команд по всей системе управления.