В течение миссии облака не движутся.

По первому вопросу - вроде не проблем вообще.
Размещаешь первую как обычно. Затем, точно, также- не задумываясь где стоит первая привязываешь вторую к филду (Взлет).

При полете в горах.
Лучше всего задать высоту самостоятельно и правильно. Ибо не заставишь движок одновременно решать две взаимоисключающие задачи: выдержать заданную высоту и не врезаться в поверхность. Незнаю как сейчас после патча, но раньше, находясь на марше самолеты, порой лихо входили в горы. А иногода наоборот не могли совершить посадку, ибо мешал холм.