Настройки графики/звука и т.д. — conf.ini
Настройки контроллеров/интерфейса и подобного — confUser.ini
Настройки скинов/лент и прочего — user.ini

Насколько помню — этих трех файлов достаточно для резервирования/восстановления всех собственных настроек.