Спасибо за ответ.

Поэкспериментировав удалось немного локализовать проблему.
Если перед подключение джойстик зафиксировать в максимальном положении по оси Y и не отпуская подключить то джойстик начинает нормально работать до перезагрузки компьютера.

Так же можно перевернуть джойстик вверх ногами и подключить, тоже заведется нормально. Я так понимаю это какая-то беда либо с датчиком либо с алгоритмом определения датчика?