Там и должно быть пусто, более того - этого каталога вообще быть не должно. Если не пускает на серверы - то уж точно не поэтому. А процедура ремонта работает правильно, во всяком случае пока ни одного сбоя в ней не обнаружено.

ЗЫ Хорошо бы лог после ремонта посмотреть (Saved Games\DCS\Logs\autoupdate.log)