Здравствуйте, Zero_Tolerance!

У вас неправильно стоят конденсаторы на питании. Конечно, из схемы Mercury_13 не очевидно, как их надо ставить. А людям привычным к электронике в голову не придет это объяснять. Так что, ваша ошибка вполне естественна.

Конденсаторы 10 мкФ и 0,1 мкФ должны замыкать + и - разъема USB. То есть стоять в самом начале цепи всего устройства. У вас же на двух платах они соединяются с земляной шиной, когда она уже обогнула весь контроллер и все "заземлила". Сглаженное напряжение наблюдается после конденсатора. И это касается, как шины питания, так и земли, на которой тоже исходно имеются помехи.

Следует выпаять 10 мкФ и 0,1 мкФ с их теперешнего места и припаять снизу к разъему USB прямо к выводам "+" и "-". Помехи обязательно уменьшатся.