Поздравляю! видите, оказывается не так это уж невозможно.
Сложностей быть не должно. Как правило моды идут "JSGME-ready", т.е. готовыми к установке через програмку JSGME (
ссылка) - ставится в папку с игрой (Silent Hunter...), там в образовавшуюся папку MODS распаковываете мод (архив), в меню JSGME управляете установкой/откатом модов.