Как говорится, сам спросил сам и подумай)

Немного дополню статейку "Programming Pro Micro Leonardo".

В bat файле следует указать путь до файла с прошивкой, у меня не получилось читать прошивку с диска С. Вылечил расположив на другом диске, так же в имени файла прошивки убрал пробелы.

Далее как обычно JoySetup