Уф, получилось, вдруг кто то столкнется, а то в интернете один шлак. Заходим на сайт: http://sourceforge.net/apps/trac/libusb-win32/wiki и качаем последнюю версию выбираем устройство Arduino Leonardo и затем я выбрал еще и загрузчик Arduino Leonardo bootloader устанавливаем и все заработало.