Скажу за себя. Тоже посещали такие мысли и опытным путём(а использую свой набор модов) стал прокачивать у торпедиста только способность "нагреть торпеду". Действительно увеличивает мощность даже без учёта возможной установки мода Critical hits 1.1 Torpedos - небольшое судно можно завалить с одного "угря". Также прокачиваю навыки скорости перезагрузки и уменьшения дефектов торпед, ведь это делу только помогает, хоть по реализму и спорновато будет.
Что же касается способности увеличения скорости торпеды - принципиально, как и Вы, не прокачиваю. Давно было дело, но когда прокачал, то стал "мазать" что в ручном, что в автонаведении.
Типа так. Мож другие что интересное добавят. Удачи всем!