Ну если уж заниматься конспирологией, то... Отключить мог любой, кто имеет документацию по борту. Это не такая уж супер секретная вещь, что её не возможно достать. Вон по эксплуатации истребителей в сети книги ДСП валяются, а тут гражданский борт.
Увести? Тоже не проблема. Мы ж конспирологи или нет? Удалённое управление бортом - первое. Второе. Если не требовалась посадка борта, то 20-50 часов на тренажёре и вы сможете блинчиком увести борт в нужном направлении. И не надо тут про бортинженегров и сложное БРЕО. Чтобы развернуть самолёт и изменить режим работы двигателей, не нужно сто тумблеров по всей кабине в специальном порядке перещёлкивать. Мне, к примеру, нафиг не нужно было знать, что на ручке РУД находиться управление маркером прицела, если я выполняю полёт по системе, например. Или порядок действия при помпаже и порядок перекрытия воздуха и запуска двигателя. Где какая кнопка/тумблер находится - до фени. РУС+РУД - что ещё для счастья надо?Навигация по радиомаяку и дальности - тоже не слишком сложное занятие, а если присовокупить GPS навигатор, то +/- километр - допустимая погрешность. Отсутствие необходимости в посадке легко объяснить десантированием.
Вопрос в другом: ЗАЧЕМ и КУДА вести борт. Если ответить на эти вопросы - всё остальное объяснить легко.