3х позиционные (ON-OFF-ON) подключаются как 2 кнопки. Нужно не то чтобы программировать, сколько настраивать, в специальной программе-конфигураторе. Программа естественно есть в открытом доступе.
По пободу черной акулы, изменяя LUA скрипты, можно добавить дополнительные назначаемые кнопки. Но проще использовать готовые решения, можно присмотреться к программе Helios. Тут вот подробнее http://forums.eagle.ru/showthread.php?t=100537
Изначально в плате все линии настроены на работу по функции обычной кнопки, но легко можно задать и другие.