Не слышал об альтернативных загрузчиках для HOTAS Warthog (покурите поиск - может быть, где-то кто-то и сделал что-то альтернативное).
Так что пока без установки T.A.R.G.E.T. заливать файлы конфигурации не получится.
PS У TargetGUI.exe есть параметры командной строки, которые позволят в том числе залить файл конфигурации сразу, не копаясь в GUI. Параметры можно посмотреть, введя в командной строке TargetGUI.exe -help
Выводится такая вот табличка:
TargetGUI -help.jpg