Джойстик напрямую юзать нельзя, но где-то в сети есть прога которая позволяет эмулировать джойстиком мышь. Вот только смысла от нее мало.
А в Аляску попадаешь только в сюжете, потом никак (ну или отредактировав инишки).
Кстати, насчет рисования систем вручную это я маху дал - есть FreelancerExplorer - очень неплохой редактор систем.