Если будет возможность сделать настройки через драйвер - должно быть получше т.к микроконтроллер будет занят только измерением и частоту опроса осей можно поднять и настройка будет более гибкой , а сглаживание и кривую отклику запихнуть в драйвер.
Какой микроконтроллер используешь? Хочу озаботиться его изучением доставанием.
Какой прогой прошиваешь чип? ICPROG?