Я говорил в первую очередь о зернистости. Чтобы удалять царапины, нужно действительно специальное ПО, которого я в глаза не видел. Попытался найти, но не получилось. Так вот, зернистость уменьшается одним махом, с помощью временнОго сглаживающего фильтра.
Я специально изучил результаты его применения - картинка выглядит чище, и что важно - размер итогового файла меньше на 15%.
Моё глубокое убеждение, основанное на многолетнем фотографическом опыте, состоит в том, что бороться с зерном фото/киноматерила занятие бесперспективное, неблагодарное и вредное:

во-первых, это всегда потеря деталей;

во-вторых, далеко не всегда я ( не говоря уж программе ) могу решить надо ли подавлять данный кластер зерен, поскольку это может оказаться мелкая деталь на поверхности снятого объекта;

в-третьих, при оцифровке материал уже подвергся некоторой сглаживающей фильтрации ( можно очень грубо прикинуть окно осреднения, исходя из разрешения фотоматериала и разрешения полученного изображения, учитывая, что фотографические 100 линий/мм больше чем 2400 dpi );

в-четвёртых, качество картинки возрастает не намного;

в-пятых, на это нужно время;

в-шестых, если делать по уму, то всё это очень индивидуально, и для каждого фрагмента потребуются свои параметры сглаживания;

и наконец, зернистось придаёт избражению определённый шарм ( "жучки, червячки и прочая гадость, которые с дивной избирательностью падают в октябрьский эль" (с) К.Саймак 'Заповедник гоблинов' ) и субъективное ощущение достоверности.

А удаление пыли, царапин, пузырьков и прочих дефектов -- работа крайне трудоёмкая и по своей природе ручная.

Короче, не стоит на это тратить время и силы.