Мне кажется что так однозначно сказать нельзя, в начале или в конце траектории. ИМХО максимальные перегрузки достигаются в моменты наиболее крутых изменений траектории. Например если пустить Р-73 с большой ошибкой наведения, то сразу после старта она должна будет отрабатывать эту ошибку и завернется очень круто. Тут-то и возникнут нехилые нормальная  перегрузка дополненная осевой от движка. Опять же если цель находится строго по курсу, то в момент работы двигателя будет действовать только осевая перегрузка от тяги двигателя, а все нормальные перегрузки придутся на конечный этап, особенно если цель будет выполнять противоракетный маневр.